La vall d’Alinyà davalla de la serra de Port del Comte i aflueix al Segre, per l’esquerra, entre Organyà i Coll de Nargó, prop del pont de l’Espia. Se separa, a nord, de la vall de la Vansa pels turons Galliner i de Ginestar, a més de per un llarg contrafort que baixa del Pedró dels Quatre Batlles, el punt culminant de la serra del Port del Comte. Al sud, hi ha la serra de Turp, la tossa de Cambrils i la serra d’Odèn, que separa la vall d’Alinyà de la de les Anoves i de la Ribera Salada. La vall és drenada pel riu de Perles, que presenta un congost molt abrupte entre la població homònima i el nucli d’Alinyà.