L’estany de Prat Major és d’origen endorreic, és a dir, que el seu contingut d’aigua depèn de l’aportada per la xarxa de drenatge superficial, i es troba per sobre d’un material carbonat que correspondria a l’edat cretàcica. Aquest fet implicaria que la subsidència que podria haver originat aquest estany tindria un origen càrstic, a través d’un enfonsament del terreny a causa d’una dissolució dels carbonats subjacents.