L’església de Sant Joan de la Freita es troba a l’antic terme d’Arfa. Es parla, en la documentació, de Santa Eugènia de la Freita. El 1077, el comte Ermengol IV d’Urgell, dona a Santa Maria de la Seu batllies i franqueses dels seus avantpassats, entre aquests, Santa Eugènia, parròquia ja esmentada el 1081. Abans, l’any 1055, s’esmenta l’”apendicio Sancte Eugenie” de la Freita en la donació d’un alou.