Església d’una nau de planta rectangular i sense una capçalera diferenciada, orientada al nord-est. La nau és coberta amb una volta de canó i presenta una única obertura, l’ull de bou de la façana sud, la mateixa on hi ha la porta. Aquesta façana és coronada per un campanar de cadireta d’un sol ull, amb remat triangular. Sant Joan de les Anoves també és el nom del nucli de poblament, format per tres cases, a dues de les quals s’hi accedia per un pas cobert. No hi ha referències documentals sobre Sant Joan de les Anoves, sufragània de la parròquia de Santa Eulàlia, tot i que les Anoves és un lloc documentat des de l’any 972.