Església en ruïnes, de la qual resta la part del campanar de torre, de secció quadrada, i alguns panys de murs. El campanar, escapçat, sense coberta. Presenta una porta mig colgada, que comunicava amb l’interior de l’església. També hi ha una finestra de doble esqueixada i a la façana meridional, tres obertures corresponents al segon pis. Els carreus són petits i units amb morter de calç. Segons una visita pastoral al temple, el 1758, Santa Margarida havia estat església parroquial del terme, amb anterioritat a l’actual església de Sant Tomàs.